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“哄堂塞署、逞凶殴官”已是枭首的罪过，烧毁衙门简直就是反了。主管全省治安的浙江臬台（即按察使，省里的三把手）立即亲自挂帅，调兵遣将前往镇压。同时，省里委派能员段光清出任鄞县县令。
鄞县百姓也知道事情闹大了，人心惊惶，担心官府的报复。段光清到任的次日，便针对这种担心，不带任何武装人员，让一个差役举着“鄞县正堂段”的牌子，带着一个书役负责传话，下乡巡视安定人心。他让书役传来几个老民问话。
段光清问：你们真要一县同反吗？
老民纷纷表示不敢反。说他们听周祥千讲，完粮有红白两封的名目，太不均平，大家入城只是请平粮价。
段光清道，连衙门都烧了，还说不敢反么？众老民惊恐起来，问他如何是好。段光清便使出分化瓦解策略，建议他们先把自己摘干净。各自写一份呈文，声明本村并未进城闹事，应完钱粮也情愿照常交纳。这样写了，即使将来官兵来抓周祥千，也不干你们的事。于是东南西北各乡纷纷具呈，不过五天，段光清就收到380多份呈文。众人表示自己是顺民和良民，在书面上与周祥千划清了界限。
民间的经验很丰富：官兵平叛是非常残酷的，大兵过处，烧杀掳掠，鸡犬不留。官府也不隐讳这一点，有时还特别在告示上声明“不日大兵云集，必至玉石不分”。所以，村民写呈文，等于在身家性命和道义责任之间做出选择，不存在两全之道。
正当段光清的分化策略初见成效之际，浙江臬宪和运宪统帅的数千官兵开到宁波。臬宪运宪都是省级文职大员，军队方面则有副将和参将，属于从二品和正三品大员，正四品的地司级干部和七品的县级干部还有许多。
地方官并不愿意军队进自己的地盘。清兵腐败，是蝗虫一般的祸害，更何况分化策略已见成效，百姓情愿完粮，剩下一个周祥千，鄞县的捕役足以对付了。因此鄞县和宁波府都反对用兵。但是军队方面有自己的利益。首先，军方并不认为这是真的平叛。一群老百姓闹事起哄，乌合之众，大军一到早就吓酥了，所以这行动是没有风险的。其次，名义上这就是平叛。转一圈，抓几个人，砍一些脑袋，干部们便可以邀功请赏。这是升官发财的捷径。士兵们奸淫抢掠，也会有许多收获。因此军方坚持用兵。
一连数日，随军的文武官员们天天带着兵下乡拿人，可是周祥千早已逃跑。军方很不过瘾，就主动扩大行动范围，要去东乡抓张潮青。三月二十五日，一群官兵到东乡的石山衕拿人，没找到张潮青和俞能贵，便很过瘾地抢了许多财物，烧了两间民房，顺便抓了13个人带回去请功。东乡人愤恨不平，鸣锣聚众抵抗官兵，官军见势不好便逃回城里。
听说东乡人聚众抵抗官军，臬司决计发大兵镇压。咸丰二年旧历三月二十六日黎明，官军乱哄哄地登上百余条紧急征调的民船开往东乡，摇船的船夫基本都是东乡人。带兵的是张副将和薛参将，相当于现在的军级干部。直到这时，官军好像也没有真正准备打仗，登舟前只管抱怨地方官伺候的不够周到，在开往东乡石山衕的路上，官兵沿岸烧毁民房，抢劫财物，就连卧床产妇的衣被也夺走了。
消息早已传到东乡。面对数千屠夫，人们除了拼命无路可走。运兵船过了一道浮桥，开到了一座庙前。埋伏在此的东乡人开炮轰击，炮声一响，乡民蜂拥而出，官军顿时大乱。船上的官兵被炮打死无数，上岸的又被砍翻，紧急后撤的船退到浮桥，又被桥上拦截的乡民杀掉。这一仗，官兵死了二百多人，文武官员死了二十多人，俞能贵一人就亲手杀了十多个官兵。张副将被打死抛到河中，薛参将被乡民活捉。据后来赶去谈判的段光清说，河边死尸乱倒，河水红流，他认识的几个县级干部一丝不挂地倒在河边，河里还有半浮半沉的尸首。
这一下，等待报捷的臬司运宪傻眼了。城中商店纷纷关门，城里哄传东乡人要进城活捉臬司。第二天，随军的所有委员一概逃得不见踪影，臬司说了一句“我等在此，事更不可测，”也和运宪一起在半夜溜了，将烂摊子留给地方官收拾。